Hydrogen exchange and ligand binding: Ligand-dependent and ligand-independent protection in the Src SH3 domain
نویسندگان
چکیده
منابع مشابه
The role of backbone motions in ligand binding to the c-Src SH3 domain.
The Src homology 3 (SH3) domain of pp60(c-src) (Src) plays dual roles in signal transduction, through stabilizing the repressed form of the Src kinase and through mediating the formation of activated signaling complexes. Transition of the Src SH3 domain between a variety of binding partners during progression through the cell cycle requires adjustment of a delicate free energy balance. Although...
متن کاملمطالعه شیمی فیزیکی ساختمان لیزوزیم به روش ligand binding
پروتئینها فراوان تری مولکولهای آلی در بدن جانداران می باشند. آنزیم ها یکی از مهمترین نوع پروتئینهای کروی می باشند که بعضی از فعالیتهای حیات بدانها وابسته است . لیزوزیم اولین آنزیم شناخته شده است . این آنزیم دارای 129 واحد اسید آمینه در زنجیر پلی پپتیدی و چهار پیوند سیستئین درون زنجیری می باشد. لیزوزیم به دلیل دارا بودن اسید آمینه های باردار توان پذیرش بعضی از لیگاندها را دارا می باشد. در این پا...
15 صفحه اولThe ligand binding domain controls glucocorticoid receptor dynamics independent of ligand release.
Ligand binding to the glucocorticoid receptor (GR) results in receptor binding to glucocorticoid response elements (GREs) and the formation of transcriptional regulatory complexes. Equally important, these complexes are continuously disassembled, with active processes driving GR off GREs. We found that co-chaperone p23-dependent disruption of GR-driven transcription depended on the ligand bindi...
متن کاملHydrogen Bonding Penalty upon Ligand Binding
Ligand binding involves breakage of hydrogen bonds with water molecules and formation of new hydrogen bonds between protein and ligand. In this work, the change of hydrogen bonding energy in the binding process, namely hydrogen bonding penalty, is evaluated with a new method. The hydrogen bonding penalty can not only be used to filter unrealistic poses in docking, but also improve the accuracy ...
متن کاملImproving SH3 domain ligand selectivity using a non-natural scaffold.
BACKGROUND Src homology 3 (SH3) domains bind sequences bearing the consensus motif PxxP (where P is proline and x is any amino acid), wherein domain specificity is mediated largely by sequences flanking the PxxP core. This specificity is limited, however, as most SH3 domains show high ligand cross-reactivity. We have recently shown that diverse N-substituted residues (peptoids) can replace the ...
متن کاملذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: Protein Science
سال: 2009
ISSN: 0961-8368
DOI: 10.1110/ps.04990205